La Ciudad Academia se encuentra a la vanguardia del progreso científico y tecnológico, siendo conocida principalmente por su desarrollo de espers: aquellos capaces de manejar habilidades sobrehumanas que alteran las reglas de la realidad. Los más poderosos entre ellos son los de Nivel 5, y el que es conocido como Accelerator reina supremo, incluso después de haber sido debilitado por una grave lesión cerebral. A su lado está la joven conocida como Last Order, a quien, a pesar de su actitud fría, él cuida de cerca y promete proteger a toda costa.
Aunque Accelerator puede estar recuperándose de su lesión, el lado oscuro de la Ciudad Academia nunca descansa, y se ve involuntariamente atrapado en medio de un nuevo conflicto. Cuando una misteriosa joven se acerca a Accelerator en busca de Last Order, el esper de más alto rango se enfrenta a una organización venenosa que ha echado raíces en Anti-Skill, la organización de mantenimiento de la paz de la Ciudad Academia. Con fuerzas peligrosas en movimiento que amenazan con poner a Last Order y a sus hermanas en riesgo, el villano autoproclamado se prepara para adentrarse en la oscuridad una vez más.
