El Imperio Alzano es el hogar de una de las escuelas de magia más distinguidas del mundo: la Academia Imperial de Magia de Alzano. Aquí, jóvenes estudiantes ambiciosos se someten a un entrenamiento para convertirse en magos competentes. Sistine Fibel una noble estricta y su mejor amiga de ojos brillantes, Rumia Tingel, asisten a la Academia, decididas a cultivar sus habilidades mágicas.
Sin embargo, su mundo se ve sacudido cuando su profesor favorito se retira de repente y el enigmático Glenn Radars lo reemplaza. Su actitud perezosa e indiferente hacia la vida y la magia rápidamente lo pone en desacuerdo con su clase. Además, fuerzas nefastas ocultas dentro de las murallas del imperio comienzan a activarse, y Sistine, Rumia y Glenn se ven atrapados en sus conspiraciones.
Rokudenashi Majutsu Koushi to Akashic Records sigue a Sistine, quien está cautivada por un misterioso castillo flotante en el cielo; a Rumia, quien es acosada por un pasado problemático; y a Glenn, quien puede ser más de lo que parece. Aunque son completamente diferentes en la superficie, están inexplicablemente unidos por un hilo de destino.
