Después de los eventos de Amagami SS, el estudiante de secundaria Junichi Tachibana continúa sus relaciones con las chicas de su escuela. Amagami SS+ Plus ofrece un vistazo a lo que sucedió después de la resolución de cada una de las historias individuales de las chicas.
Nuevos eventos comienzan a ocurrir entre cada una de las chicas y Junichi. Tsukasa Ayatsuji, la representante de la clase, se postula para presidenta del consejo estudiantil; Rihoko Sakurai, quien ha asumido el Club de Té junto a Junichi, todavía quiere confesarle sus sentimientos; Ai Nanasaki cuestiona el futuro de su relación con Junichi cuando él se va a la universidad; Kaoru Tanamachi se pregunta si su relación con Junichi avanzará en algún momento; Sae Nakata y Junichi enfrentan a compañeros de clase que aún no pueden creer que alguien tan lindo sea su novia; y Haruka Morishima quiere llevar su relación al siguiente nivel y casarse.
