Después de la caída final del Bakugan rebelde Naga, la paz fue restaurada en Vestroia. Con la ayuda de Danma Kuusou, su compañero Pyrus Dragonoid y otros Battle Brawlers, los Núcleos Infinito y Silencioso se combinaron y el reino fue recreado.
Sin embargo, Nueva Vestroia no tendrá respiro, ya que los invasores alienígenas humanoides, los Vestals, llegan y conquistan el mundo Bakugan de un solo golpe. Armados con una temible máquina capaz de restringir a los Bakugan en sus formas de bola, buscan esclavizar a la raza como una forma de entretenimiento.
Ahora, la única fuerza que se interpone en su camino es la Resistencia de los Bakugan Battle Brawlers, un grupo de humanos, Bakugan y Vestals que se oponen a la idea de aniquilar una raza sintiente. Liderados por Danma, deben aventurarse en Nueva Vestroia, ocupada por los enemigos, y repeler a los invasores para asegurar la supervivencia de todo el mundo.
