Basado en el juego de rol de acción escolar de COLOPL. Ambientado en el año 2045. El mundo ha sido contaminado por Irousu (misteriosos invasores que aparecieron de repente), y los humanos se encuentran restringidos y contenidos. Enfrentándose valientemente a estos invasores están chicas comunes por todas partes, sin un poderoso ejército o incluso armas.
La Academia de Chicas Shinjugamine es una escuela para estas "Hoshimori" (Guardianes Estelares) destinadas a luchar contra los Irousu. El jugador es asignado a esta academia para entrenar a las chicas y recuperar la Tierra contaminada. Y así, una vez más, las campanas resuenan en el patio iluminado por el sol para marcar el comienzo de las clases hoy...
