Aventurándose en la naturaleza, el escéptico Ryouta Murakami y la ambiciosa Kuroneko estaban en una búsqueda para probar la existencia de vida extraterrestre cuando ocurrió un trágico accidente que le costó la vida a Kuroneko y dejó a Ryouta en estado crítico.
Han pasado diez años desde el desastre, y Ryouta ahora vive una vida normal en la escuela secundaria. Jura demostrar que los extraterrestres son reales en honor a su amiga fallecida. Un día, llega inesperadamente una estudiante transferida llamada Neko Kuroha, que guarda un asombroso parecido con la difunta Kuroneko e incluso comparte un nombre similar. Lo más misterioso es que parece poseer poderes sobrenaturales.
A medida que Ryouta se interesa más en Neko, se ve arrastrado a un mundo mortal donde científicos peligrosos cazan a brujas que wield magic y han escapado de su laboratorio de investigación secreto. Neko es una de estas fugitivas, pero hay muchas otras que se encuentran en situaciones similares, y depende de Ryouta protegerlas de sus potenciales captores.
