La leyenda cuenta que, cuando la Tierra fue destruida, el gran relojero Y hizo un reemplazo a partir de engranajes y piezas. Naoto Miura es un joven que aspira a ser un gran relojero. Sin embargo, a pesar de su talento único—una audición sensible que le permite comprender de inmediato la mecánica de los relojes solo a partir del ruido—ha hecho poco progreso. Pero esto cambia cuando un ataúd cae del cielo en su apartamento, revelando a RyuZU, un autómata femenino forjado por el propio Y.
La llegada de RyuZU trae consigo a Marie Bell Breguet, la talentosa heredera de una distinguida línea de relojero, y a su guardaespaldas cyborg, Vainney Halter, a la vida de Naoto. Cuando ella y Naoto se ven envueltos en una batalla llena de acción por sus vidas, descubren una verdad incómoda: el planeta mecánico en el que la humanidad ha vivido durante más de un milenio está comenzando a desmoronarse—un secreto por el que muchas personas están dispuestas a matar para proteger.
