Cuando la amenaza del ángel se intensifica, la fuerza de defensa de la humanidad se ve llevada al límite, con NERV a la vanguardia de la lucha. Shinji Ikari y su compañera Rei Ayanami son asistidos por dos nuevos pilotos: la ardiente Asuka Langley Shikinami y la misteriosa Mari Illustrious Makinami.
Con la ayuda de sus unidades mecanizadas de Evangelion, equipadas con armas perfectas para enfrentarse a sus monstruosos oponentes, las cuatro jóvenes almas luchan desesperadamente para proteger a sus seres queridos y evitar un apocalipsis inminente. Pero cuando se revelan sorprendentes secretos, ¿demostrará el mayor desafío de los héroes ser los monstruos... o la propia humanidad?
