En el año 2027, un año después del final de la Guerra Mundial IV no nuclear, ha explotado una bomba en Newport City, matando a un importante traficante de armas que podría tener conexiones con la misteriosa Organización 501. El funcionario de Seguridad Pública Daisuke Aramaki contrata a Motoko Kusanagi, usuaria de prótesis cibernética de cuerpo completo y hacker extraordinaria, para investigar.
