Kei Narutani y su amigo de la infancia, Song Minghua, son refugiados chinos que huyen de los Zai, una misteriosa organización que aterroriza indiscriminadamente su país y su gente. Afortunadamente, durante su escape a Japón, son salvados por una extraña aeronave roja.
La fascinación de Kei por esta aeronave lo lleva a conocer a su salvadora: una chica que es un "Anima", la piloto de un tipo único de avión llamado "Hija". La chica se hace llamar Gripen, un adorable cazabombardero JAS-39F. Kei desarrolla un vínculo con Gripen y luego es reclutado por las Fuerzas de Autodefensa de Japón para ayudar a Gripen a superar sus problemas con el vuelo.
Más tarde se les une Eagle, un despreocupado F-15J-ANM, y Phantom, un orgulloso RF-4EJ-ANM. El escuadrón toma las armas, decidido a proteger a la humanidad. Juntos, los cinco individuos luchan contra los invasivos Zai, formando la última línea de defensa contra la amenazante fuerza alienígena.
