Estamos en el año UC0105, doce años después de la Rebelión de Char . " Mafty " ha comenzado a resistir el gobierno tiránico de la Federación asesinando a sus altos funcionarios. Su líder es en realidad Hathaway Noa , hijo de Bright Noa , quien luchó en la Guerra de Un Año junto a Amuro Ray .
Una chica llamada Gigi Andalusia , que posee poderes extraordinarios, le ha recordado a Hathaway un trauma del pasado. Aunque sus palabras lo desconciertan, se prepara para llevar a cabo un ataque aéreo contra la conferencia de Adelaida, decidido a cumplir los objetivos de Mafty y dejar atrás su propio pasado. Influenciado por sus crípticas palabras, continúa preparándose para la misión de Mafty: el ataque a la Conferencia de Adelaida. Mientras tanto, Kenneth Sleg, de las Fuerzas de la Federación, prepara una operación de defensa para la Conferencia de Adelaida y un plan para eliminar a Mafty, cuando Hundley Yeoksan, de la Organización de la Policía Criminal , se le acerca con una propuesta secreta. Mientras Hathaway y Kenneth persiguen sus respectivos objetivos, Gigi también parte hacia Hong Kong para cumplir su propio papel.
