Las jóvenes de Mitakihara viven felices sus vidas, luchando ocasionalmente contra el mal, pero en su mayoría dedicándose a sus pacíficas rutinas diarias. Sin embargo, Homura Akemi siente que algo está mal en esta atmósfera inusualmente agradable; aunque los demás permanecen ajenos, no puede evitar sospechar que hay más de lo que parece: alguien que no debería existir está actualmente presente para unirse a sus actividades.
Mahou Shoujo Madoka★Magica Película 3: Hangyaku no Monogatari sigue a Homura en su lucha por descubrir la dolorosa verdad detrás de las misteriosas circunstancias, mientras lucha de manera egoísta y desesperada por el bien de su amor eterno en esta conclusión llena de desesperación de la historia de cinco chicas mágicas.
