¡Rail Wars! tiene lugar en un universo alternativo donde el gobierno japonés mantiene el control sobre los sistemas ferroviarios del país. Debido a la estabilidad que brinda el liderazgo del gobierno, el sistema ferroviario puede florecer.
Naoto Takayama aspira a convertirse en empleado de Japan National Railways debido a la vida cómoda que esto le permitirá llevar. Para lograrlo, ingresa a su programa de capacitación, donde los estudiantes deben demostrar su conocimiento sobre trenes así como su capacidad para estar listos ante cualquier desafío que pueda surgir.
Durante este período, encontrará a otros estudiantes, como la talentosa deportista Aoi Sakura, el eternamente hambriento Sho Iwaizumi y la enciclopedia humana Haruka Komi. Juntos, trabajarán para sobrevivir su período de aprendiz, enfrentándose a ladrones de bolsos, amenazas de bomba y el acechante espectro del grupo extremista “RJ”, que busca privatizar el sistema ferroviario.
