Una Guerra Santa, proveniente de la mitología antigua, en la que la Diosa Atenea y Hades han luchado entre sí mientras defienden la tierra repetidamente a lo largo de 200 años. La historia tiene lugar en la Europa del siglo XVIII, 243 años antes del original "Saint Seiya". Tres pequeños niños, Tenma, Alone y Sasha, han compartido juntos una infancia muy feliz. Tenma, que es bastante agresivo pero recto, se ha mudado a Santuario para convertirse en santo. Allí se reúne con Sasha, que es la hermana de Alone, y descubre que ella es la reencarnación de la Diosa Atenea. Alone, que es amable, gentil y ama la pintura, fue elegido para el cuerpo del enemigo Rey Hades. Tenma eventualmente se convierte en un santo de Pegasus y se enfrenta en una feroz batalla con su mejor amigo Alone, el Rey de Hades. Pegasus Tenma, Rey Hades y la Diosa Atenea, a través de los giros de sus tres destinos, se fusionan, lo que despliega un prólogo de la original Saint Seiya.
