La segunda etapa de la batalla royal conocida como el Plan Sekirei está en marcha. Shintou Teito ha sido cerrado; ningún Sekirei ni Ashikabi pueden salir. Minato Sahashi y su harén de Sekirei deben prepararse para luchar en nuevas batallas mientras se implementan cambios en las reglas. Sin embargo, no todos los grupos regresarán a la batalla: algunos Sekirei son muy amados por sus compañeros Ashikabi, quienes preferirían renunciar al premio que verlos perecer.
En medio de la acción, alguien cercano a Minato puede estar más involucrado de lo que él jamás imaginó, y amenazas acechan en cada rincón. Incluso hay rumores de que los "Números Únicos", el tipo más poderoso de Sekirei, han entrado en la contienda. A los ojos del "Maestro del Juego" Minaka Hiroto, todo avanza según lo planeado.
