Tras los problemas que Miharu Oozora tuvo con sus Comet Blasters, la Agencia de Gestión de Emergencias Cósmicas (CEMA) se da cuenta de que ya no puede depender completamente de pilotos humanos para las misiones de intercepción. En su lugar, se reactiva un antiguo programa con naves de transporte no tripuladas para realizar pruebas. Mientras tanto, en la isla Shimoji, Mikaze y sus amigos finalmente presentan su examen de licencia de piloto justo cuando llega a la base el siguiente grupo de novatos.
La situación se complica rápidamente cuando una de las bases orbitales casi se avería, lo que obliga a una misión de rescate improvisada. Con la CEMA dividida sobre cómo manejar la crisis, el gran misterio que rodea a los cometas comienza a desvelarse.
