A.D. 2089 - Han pasado 80 años desde que la Guerra Espacial I cambió la vida de las razas humana y Zentraedi. Ambas razas viven en paz en la Tierra cuando aparece una nueva raza alienígena llamada los "Marduk" dentro del Sistema Solar. Mientras cubre la primera batalla entre la Flota Espacial de la U.N. y la flota Marduk, el reportero novato de SNN, Hibiki Kanzaki, descubre a Ishtar, un "Emulador" que mejora las habilidades de combate de los Marduk a través del canto. Hibiki lleva a Ishtar a la Tierra para enseñarle los valores de la vida y la cultura. Junto con la piloto de Valkyrie, Silvie Gena, Hibiki e Ishtar deben encontrar una manera de salvar la Tierra de la destrucción total a manos del líder Marduk, Ingues.
