Después de un descanso de un año, Shinpachi Shimura regresa a Edo, solo para encontrarse con una sorprendente revelación: ¡Gintoki y Kagura, sus compañeros de Yorozuya, se han convertido en personajes completamente diferentes! Huyendo confuso de la sede de Yorozuya, Shinpachi descubre que todos los habitantes de Edo han experimentado cambios impos…
Edo es una ciudad que fue hogar del vigor y la ambición de los samuráis de todo el país. Sin embargo, tras la rendición del Japón feudal ante poderosos alienígenas conocidos como los "Amanto", esas aspiraciones ahora parecen inalcanzables. Con el shogunato, que en su momento fue influyente, reconstruido como un gobierno títere, se aprueba una nuev…