Un día, después de la escuela, el estudiante de primer año de secundaria Yomogi Asanaka se encuentra con un hombre hambriento bajo un puente. Presentándose como Gauma, el extraño vagabundo informa a Yomogi que él es un "usuario de kaiju", una persona que se ocupa de los "kaiju", monstruos que traen daño a la ciudad y a sus ciudadanos. La noche sig…
Yuuta Hibiki se despierta en la habitación de Rikka Takarada y nota dos cosas: no tiene recuerdos y puede escuchar una misteriosa voz que llama su nombre desde una habitación cercana. Al investigar más a fondo, encuentra un robot que se presenta como Hyper Agent Gridman detrás de la pantalla de una antigua computadora. Para sorpresa de Yuuta, Rikk…
Ha pasado un año desde los eventos de SSSS.Gridman. El mundo está en paz y nadie, excepto Rikka y Utsumi, recuerda a los kaiju, a Gridman o a Akane Shinjou. Esto incluye a Yuuta, quien a pesar de haber sido el anfitrión de Gridman, no tiene memoria de los momentos más importantes de su vida. Así que cuando aparece un nuevo Kaiju, aprovecha la opor…