Han pasado treinta y dos años desde la derrota inicial de los Invasores. A.E.G.I.S está casi desmantelada ahora y se ha convertido en una organización clandestina compuesta solo por algunos Guardianes de Puerta que quedan para salvar a la humanidad. Uno de los miembros, Ayane Isuzu, está harta de la sociedad en su conjunto, aunque continúa derrotando a los Invasores por despecho hacia su padre. De repente, se entera de la resurrección del General Máquina (Kikai Shogun) y del Conde Diablo (Akuma Hakushaku), pero ahora los acompaña una misteriosa chica fantasma. Depende de Ayane y los restos de A.E.G.I.S detenerlos y salvar a la humanidad una vez más.
