Ambientada un año antes de la llegada de los Zentraedi a la Tierra, Macross Zero narra los últimos días de la guerra entre la U.N. Spacy y las facciones anti-U.N. Después de ser derribado por el más nuevo avión de combate de los anti-U.N., el as piloto Shin Kudo se encuentra en la remota isla de Mayan, donde la tecnología es casi inexistente. Mientras Shin permanece en la isla para curar sus heridas, la tranquilidad del lugar se ve interrumpida por una batalla que involucra al nuevo caza de la ONU: el VF-0.
